در اواخر لیگ بیستم شکاف عمیقی بین مدیران باشگاه استقلال و فرهاد مجیدی ایجاد شد تا جایی که تمرینات آبی پوشان به اعتصاب کشید و حتی بازیکنان علیه احمد مددی موضع گیری های تندی انجام دادند.
مجیدی پس از جدایی از الغرافه قطر و بهرغم داشتن پیشنهادهایی از باشگاههای راهآهن، مس کرمان، ذوب آهن، پرسپولیس، ملوان و تراکتورسازی در ۷ مهر ۱۳۹۱ با انتشار نامهای، از دنیای فوتبال خداحافظی کرد.